上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院(以下简称“九院”)，2005年上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，九院改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院(以下简称“九院”)。九院是经上海市卫生局核准登记的政府主办的非营利性三级甲等综合性医院。医院地处上海市中心城区黄浦区。医院承担本市部分基本医疗，主要从事急危重症和疑难疾病的救治，也是上海市120的定点医院，上海市口腔干部保健定点医院。
九院是一所以口腔、整复外科、骨科和眼科为特色的内、外、妇、儿各科齐全的三级甲等综合性教学医院。医院积极响应政府号召，坚持公立医院公益性办院，近年来九院在援摩、援滇、援疆和支持市郊奉城医院的医疗工作中，取得良好的社会效益。九院连续十一届评为上海市文明单位。2012年复旦大学医院管理研究院公布的《2011年度中国很优等医院及很优等专科声誉排行榜》我院排名全国第21名(100家医院);整复外科荣获《中国医院很优等专科声誉排行榜》第1名、口腔医学荣获第3名，骨科、眼科分别获得全国很优等专科提名。
截至2012年12月，九院占地面积61亩，总建筑面积17.3万平方米。核定床位数1000张，实际开放床位1019张。口腔综合椅位260张，临床科室37个，医技科室10个。全院职工近2400人，医疗专业技术人员占80.8%以上。现拥有3位中国工程院院士：知名整复外科专家张涤生教授、口腔颌面外科专家邱蔚六教授、骨科专家戴尅戎教授。 “十二五”以来九院学科建设水平不断发展。
医院现拥有3个上海市临床医学中心(口腔临床、整复外科、关节外科)和2个上海市临床医疗质量控制中心(口腔医学、医学美容)。口腔临床医学、整复外科与组织工程学、外科学(骨科)现为国家重点学科，心血管内科为国家重点学科组员单位(牵头单位瑞金医院);口腔基础医学现为国家重点培育学科。骨科、口腔颌面外科、牙体牙髓科、牙周科、口腔修复科和眼科为国家临床重点专科。口腔医学、整复外科学、骨科学为教育部“十二五”“211工程”重点建设学科。
口腔黏膜病科列为国家中医药管理局重点专科。组织工程学为上海市“重中之重“学科，口腔颌面外科为上海市重点学科(优势学科)，口腔修复生物材料学为上海市重点学科(特色学科)，口腔基础医学和眼科学为上海市第三期重点学科。修复重建外科入选上海市“重中之重”临床医学中心，眼科为上海市“重中之重”临床重点学科，骨科为上海市教委重点学科。眼科、麻醉科、泌尿外科、内分泌科为上海交通大学医学院重点学科。
九院也是上海交通大学医学院血管病诊治中心、疝与腹壁外科疾病诊治中心单位。 “十二五”以来九院学科临床综合实力逐年提升。整复外科现为国际上规模很大的整形外科医学中心和国内很大的整形外科医教研中心。口腔颌面外科已达到国际领跑水平，牙体牙髓病科、牙周病科、口腔粘膜病科、口腔修复科、口腔正畸科、儿童口腔科、口腔预防科、口腔种植科、口腔综合科等各类牙科诊疗达到国内领跑水平，部分国际先进水平。骨关节外科和脊柱外科处于国内优势地位。眼整形眼眶外科、眼肿瘤治疗全国领跑，眼科、辅助生殖科临床规模和诊疗水平达到长三角地区领跑地位。心血管介入治疗、钬激光前列腺剜除治疗、周围血管疾病治疗、疝与腹壁外科疾病诊治、病理性肥胖手术治疗、脑卒中介入治疗等方面，处于本市领跑水平。现任临床医技科主任近60%为博士生导师。九院已成为一所特色鲜明、临床科技创新核心竞争力强的三级甲等综合性医院。
九院是上海交通大学口腔医学院、上海交通大学九院临床医学院教学基地，拥有27个教研室。医院以提高教学质量为核心，加强临床医学教育，积极推进教学改革。“十一五”期间医学院获得国家精品课程3项、国内优良教学团队1个，国内双语教学示范课程1项。大学生创新性实验项目国内11项。担任全国高等院校口腔医学专业本科规划教材主编6人次。获得全国高等医药院校优良教材奖3项，人民卫生出版社课件教学建设-医学大讲堂主讲名师1项，人民卫生出版社课件教材建设4项。口腔医学还获得上海市高水平特色建设项目、上海市本科教育高地第三和第四期建设项目和085工程项目资助。