近年来，在盛行这种残害女性的愚昧仪式的国家里，人们越来越关注这一问题了。对这一敏感问题的讨论主要集中在这一行径对妇女和儿童健康的不良影响。它已成为这些国家的一个重要的公共卫生问题。对这一问题的处理使得这些国家本来已十分拮据的卫生服务设施背上了更为沉重的负担。
包皮环切术的实行者多为老接生婆、助产士或有经验的乡村老妇（当然，她们并不需要多少医学训练）。她们多无外科技术，手术多在很差的卫生条件下施行，不麻醉，用的是不消毒的刀，甚至仅仅是锐利的石器。包皮环切术按其手术损伤的严重程度可分为以下四个类型：
ⅰ型——损害很轻，与男性包皮环切术相似，只切除阴蒂包皮。近年来西方社会采用这一术式治疗女性性高潮障碍，但其治疗效果尚未得到确实的验证。
ⅱ型——切除阴蒂龟头甚至整个阴蒂，同时还部分或全部切除邻近组织，如小阴唇。
ⅲ型——不仅切除阴蒂及周围组织，而且还切除大阴唇，然后把粗糙的伤口缝合，使阴门只剩下一个很小的孔以排尿和排经血。
ⅳ型——少见，它将切除会阴体以扩大阴道口。
长期副作用包括硬瘢痕对初次性交或分娩的影响。由于外部皮肤缝合过紧可形成囊肿，甚至大到需要外科切除，囊肿还可合并感染或形成脓肿。当留存的排出孔太小时月经血可能潴留，月经残渣和尿道沉渣可以在阴道内沉积，形成阴道“结石”，严重时可形成撕裂、尿瘘或粪瘘。这些瘘管不仅危及健康，还给妇女造成许多社会问题。
因为性交插入的困难或炎症还可造成不育，特别是在婚姻早期。这些接受过割治手术的妇女往往遇到很多性问题，它们会严重损伤性关系。后，女性环切术还可造成许多心理问题，如焦虑、抑郁、神经症和精神病。
要赢得接生婆等的支持是不容易的，因为手术是她们的生财之道。虽然国际舆论力主废除这一不人道的手术，以解救数以千万计的妇女和儿童不再受到残害。目前西方国家针对女性无高潮患者中有些人阴蒂包皮过长、阴蒂无法外露而进行的包皮环切术则是另一回事，目的在于增进性的快感。
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